Τα πρόστιμα του άρθρου 54 δεν επιβάλλονται σε περίπτωση υποβολής εκπρόθεσμης τροποποιητικής δήλωσης ΦΠΑ ή δήλωσης παρακρατούμενου φόρου, εφόσον η σχετική αρχική δήλωση έχει υποβληθεί εμπρόθεσμα (άρθρο 54 παρ. 2).

Δεν επιβάλλεται πρόστιμο σε περίπτωση εκπρόθεσμης υποβολής δήλωσης χωρίς να υπάρχει αντίστοιχη φορολογική υποχρέωση (εκ παραδρομής).